Struktur organisasi SMAN 3 Martapura terdiri dari:
- Kepala Sekolah
- Wakil Kepala Sekolah (Bidang Kurikulum, Kesiswaan, Sarpras, Humas)
- Guru Mata Pelajaran
- Tenaga Administrasi Sekolah
- Komite Sekolah
Struktur ini dirancang untuk mendukung proses pembelajaran yang efektif serta pelayanan yang optimal bagi peserta didik dan masyarakat.
